5h00 sáng 3 cặp bố con Đỗ Minh – bé Tốt Ti, bố Mạnh trường – bé Chíp, bố Minh Khang – bé Suti đã tập trung tại Hà Nội để bắt đầu hành trình mới của Bố ơi! Mình đi đâu thế?.
Trong tập này, cặp bố con Minh Khang – bé Suti đã "trở lại và lợi hại hơn xưa”. Nếu như trong mùa trước Suti là cô em út hay nhõng nhẽo, thì ở mùa thi thứ 2 Suti đã được làm chị cả vì lớn nhất so với 3 bạn còn lại. Vì đã có kinh nghiệm dày dặn và am hiểu các thử thách của chương trình, nên bố Minh Khang rất tự tin.
Về phần cặp bố con Xuân Bắc, ngay từ khi xuất hiện, hai bố con danh hài đã khiến khán giả bật cười vì những hành động và lời nói ngộ nghĩnh. Xuân Bắc thậm chí còn trổ tài ảo thuật khiến các em bé của chương trình thích mê.
Tuy nhiên, một tình huống bất ngờ xảy ra, Xuân Bắc có việc gấp phải quay trở lại Hà Nội, Bi tiếp tục hành trình cùng các cặp bố con khác. Không có bố bên cạnh nhưng cậu bé tỏ ra khá bạo dạn và nhiệt tình tham gia các hoạt động của chương trình.
Thử thách đầu tiên là truy tìm kho báu trên sông. Các cặp bố con sẽ phải tự chèo thuyền để tìm kho báu được giấu cùng những quả bóng bay trên sông. Công việc không hề dễ dàng khi nhiều bố lần đầu tiên sử dụng mái chèo, nhất là giữa một dòng sông lớn và các con thì không ngừng chỉ đạo để có được quả bóng của mình. Kết thúc cuộc thi phần thắng đã thuộc về bố Minh - bé Tốt Ti với 06 báu vật, bố Minh Khang và bé Suti với 5 báu vật còn bố Mạnh Trường cùng bé Bi và bé Chip tìm được 3 báu vật.
Thử thách thật sự của chuyến đi lần này là tìm cách sống sót trên đảo hoang với: “Không lương thực, không nước uống, không chỉ dẫn và ... không hẹn ngày trở lại”. Thử thách này đã khiến bố Minh Khang và Suti hồi tưởng lại kí bức “bị bỏ lại trên đảo hoang” ngày nào. Tuy nhiên khi đó, các bố và các bé còn có chỉ dẫn để tìm được thức ăn và nước uống.