Yamaha R6 sở hữu ngoại thất tùy chỉnh theo phong cách đường đua với màu sắc xanh tem vàng đặc trưng và mang số hiệu số 9 trên đỉnh đầu, các chi tiết không quan trọng như hệ thống đèn, gương hậu, chắn bùn,... đã được loại bỏ toàn phần nhằm giảm trọng lượng thân xe một cách triệt để.
Phần đầu xe đáng chú ý với khe hút gió trung tâm nhìn thoáng qua khá giống của đàn anh M1, đây là hệ thống Ram-Air giúp bẫy luồng không khí nhiệt độ thấp vào động cơ nhằm xúc tác quá trình đánh lửa và tăng hiệu quả hoạt động.
Ngoài ra hệ thống điều khiển cũng được trang bị tay phanh và côn dạng đồ chơi chống gãy, công tắc Ducabike. Vị trí ngồi lái được sử dụng yên solo chuyên dành cho đường đua với lớp mút khá mỏng và tinh tế, phần yên phụ được thay bằng ốp đuôi solo.
Hệ thống phanh được giữ nguyên thiết kế tiêu chuẩn nhưng tạo sắc thái nổi bật hơn với bộ đĩa kép đồ chơi 2 màu xanh và đỏ ở trước, dây dầu Hel U.K với màu sắc và hiệu quả sử dụng tốt hơn.
Nâng cấp hệ thống treo sau Ohlins TTX với độ tăng chỉnh êm ái tuyệt đối và chuyên nghiệp, và cuối cùng đó là vị trí để chân đã được thay đổi bộ số gãy CNC thể thao và chuyên nghiệp hơn, sử dụng thương hiệu ống xả Akrapovic nhằm phát huy giới hạn công suất của bản độ này trên đường đua.